Pre zabezpečenie činností súvisiacich so zaručenou elektronickou fakturáciou je vytvorený fakturačný systém spravovaný Ministerstvom financií SR, do ktorého sa subjekty registrujú. Prijatie zaručenej elektronickej faktúry sa primárne nastavilo na elektronické schránky podľa zákona o e-Governmente, s možnosťou voľby prijímania faktúr priamo v systéme elektronickej fakturácie. Týmto zákonom nie je dotknutá vecná a ani osobná pôsobnosť ostatných predpisov v oblasti informatizácie - ani zákona o e-Governmente a ani zákona o informačných technológiách vo verejnej správe. Zákon žiadnym spôsobom nezasahuje, neruší a ani nezužuje pôsobnosť týchto predpisov a ani výnimiek, ktoré ustanovujú. Rovnako tak platí, že všetky pravidlá bezpečnosti systémov (fakturačného systému, ako aj ekonomického informačného systému), prístupu do systémov a ochrany všetkých jeho údajov, vrátane osobných údajov, zostali v plnej miere zachované, sú a budú dodržiavané.