Vývoj aplikací průtokové cytometrie v medicíně představuje unikátní příklad prolínání nejmodernějších metod techniky a biologie v čase. Významný pokrok v počítačových a laserových technologiích a implementace nových fluorochromů umožnily vývoj moderních kompaktních a cenově dostupných průtokových cytometrů, jejichž využití se postupně soustředilo na obory klinické hematologie: imunologická diagnostika, diferenciální diagnostika, klasifikace, prognostická stratifikace hematoonkologických chorob (leukemie, myeloproliferace, lymfoproliferace, myelodysplastické syndromy) a posléze i na detekci a sledování minimální reziduální choroby.