Darkest of Days je originální intenzivní FPS se zajímavým příběhem. Děj začíná ve chvíli, kdy je hlavní hrdina těsně před smrtí zachráněn tajemnou a podle všeho velmi mocnou organizací. Ta jej přenese do jiné doby a představí mu jeho poslání. Ogranizace se snaží zabránit zlým předpovědím v budoucnosti, které by mohly mít dalekosáhlé následky pro celý svět, a tak vysílá své agenty do minulosti, aby napravili řadu tehdejších chyb.

Hráč bude cestovat časem tam a zpátky, do minulosti i do budoucnosti (např. do doby Římské říše nebo války Severu proti Jihu). Zasáhne přitom do řady známých historických bitev s využitím různých moderních i historických zbraní. V rámci jednotlivých misí hráč zažije jednu situaci z několika úhlů pohledu, zatímco bude postupně odhalovat další a další informace o organizaci, pro níž pracuje.